Negara Kesatuan Republik Indonesia sebagai Negara kepulauan yang berciri nusantara mempunyai kedaulatan atas wilayahnya serta memiliki hak-hak berdaulat di luar wilayah kedaulatannya dan kewenangan tertentu lainnya untuk dikelola dan dimanfaatkan sebesar-besarnya bagi kesejahteraan dan kemakmuran rakyat Indonesia sebagaimana diamanatkan dalam Undang-Undang Dasar Negara Republik Indonesia Tahun 1945.Dalam pasal 25A UUD 1945 telah pula ditegaskan bahwa "Negara Kesatuan Republik Indonesia adalah sebuah Negara kepulauan yang berciri nusantara dengan wilayah yang batas-batas dan haknya ditetapkan dengan Undang-Undang". Pengaturan lebih lanjut mengenai wilayah negara yang meliputi wilayah daratan, perairan pedalaman, perairan kepulauan dan laut teritorial beserta dasar laut, dan tanah dibawahnya, serta ruang udara di atasnya, termasuk seluruh sumber kekayaan yang terkandung di dalamnya, telah ditegaskan dalam Undang-undang Nomor 43 Tahun 2008 tentang Wilayah Negara.
Indonesia sebagai negara kepulauan dengan ribuan pulau yang menyebar di wilayah perairan laut yang sedemikian luas dan garis pantai yang panjang, menggambarkan bahwa dua pertiga dari wilayah Indonesia adalah laut, dengan segala konsekuensi dan implikasinya terhadap pengelolaan perbatasan wilayah Negara. Implikasi yang jelas dari kondisi ini, hanya ada tiga perbatasan darat dan sisanya adalah perbatasan laut. Wilayah darat, Indonesia berbatasan langsung dengan tiga negara, yakni Malaysia, Papua Nugini, dan Timor Leste dengan garis perbatasan darat secara keseluruhan adalah 2914,1 km. Sedangkan wilayah laut Indonesia berbatasan dengan 10 negara, yaitu : Malaysia, Singapura, Filipina, India, Vietnam, Thailand, Republik Palau, Australia, Timor Leste, dan Papua Nugini.
Konvensi PBB tentang Hukum Laut (UNCLOS 1982)Batas wilayah laut Indonesia pada awal kemerdekaan hanya selebar 3 mil laut dari garis pantai (Coastal Baseline) setiap pulau, yaitu perairan yang mengelilingi Kepulauan Indonesia bekas wilayah Hindia Belanda. Namun ketetapan batas tersebut, yang merupakan warisan kolonial Belanda, tidak sesuai lagi untuk memenuhi kepentingan keselamatan dan keamanan Negara Republik Indonesia. Atas pertimbangan tersebut, maka lahirlah konsep Nusantara (Archipelago) yang dituangkan dalam Deklarasi Juanda pada tanggal 13 Desember 1957.
PERBATASAN INDONESIA DENGAN
10 NEGARA TETANGGA (DARAT DAN LAUT)

Deklarasi Djuanda dikukuhkan pada tanggal 18 Pebruari 1960 dalam Undang-Undang No. 4/Prp tahun 1960 tentang Perairan Indonesia. Ketetapan wilayah Republik Indonesia yang semula sekitar 2 juta km2 (daratan) berkembang menjadi sekitar 5,1 juta km2 (meliputi daratan dan lautan). Dalam hal ini, ada penambahan luas sebesar sekitar 3,1 juta km2, dengan laut teritorial sekitar 0,3 juta km2 dan perairan laut nusantara sekitar 2,8 juta km2. Konsep Nusantara dituangkan dalam Wawasan Nusantara sebagai dasar pokok pelaksanaan Garis- garis Besar Haluan Negara melalui ketetapan MPRS No. IV tahun 1973.
Melalui Konvensi Hukum Laut Internasional (UNCLOS) pada tahun 1982, yang hingga kini telah diratifikasi oleh 140 negara, negara-negara kepulauan (Archipelagic states) memperoleh hak mengelola Zona Ekonomi Eksklusif seluas 200 mil laut diluar wilayahnya. Sebagai negara kepulauan, Indonesia mempunyai hak mengelola (yurisdiksi) terhadap Zona Ekonomi Eksklusif. Penetapan Zona Ekonomi Eksklusif Indonesia (ZEEI) mencapai jarak 200 mil laut, diukur dari garis dasar wilayah Indonesia ke arah laut lepas. Ketetapan tersebut kemudian dikukuhkan melalui Undang-Undang Nomor 5/1983 tentang Zona Ekonomi Eksklusif Indonesia. Konsekuensi dari implementasi undang-undang tersebut adalah bahwa luas wilayah perairan laut Indonesia bertambah sekitar 2,7 juta Km2, sehingga menjadi sekitar 5,8 juta Km2.
Konvensi PBB tentang Hukum Laut 1982 (UNCLOS 1982) melahirkan delapan zonasi pegaturan (regime) hukum laut dan mengatur pemanfaatan laut sesuai dengan status hukum dari kedelapan zonasi pengaturan tersebut. Negara- negara yang berbatasan dengan laut, termasuk Indonesia memiliki kedaulatan penuh atas wilayah perairan pedalaman, perairan kepulauan dan laut teritorial; Sedangkan untuk zona tambahan, zona ekonomi eksklusif dan landasan kontinen, negara memiliki hak-hak eksklusif, misalnya hak memanfaatkan sumberdaya alam yang ada di zona tersebut. Sebaliknya, laut lepas merupakan zona yang tidak dapat dimiliki oleh negara manapun, sedangkan kawasan dasar laut Internasioal dijadikan sebagai bagian warisan umat manusia.
Secara geopolitik Indonesia juga dapat dikatakan sebagai stabilisator kawasan Asia Tenggara mengingat besarnya wilayah dan jumlah penduduk. Terlebih lagi dengan letak posisi geografis Indonesia yang dalam hal ini merupakan negara maritim, sehingga stabilitas keamanan maritim Indonesia juga sebagai salah satu kunci dari stabilitas situasi keamanan di wilayah Asia Pasifik. Khususnya karena negeri ini mempunyai empat chokepoints dari sembilan chokepoints strategis dunia dan tiga ALKI. Keempat chokepoints itu meliputi Selat Malaka, Selat Sunda, Selat Lombok dan Selat Ombai.
Kemampuan Indonesia mengamankan keempat chokepoints akan berpengaruh langsung terhadap situasi keamanan dan ekonomi kawasan Asia Pasifik secara keseluruhan. Sebab perairan-perairan tersebut merupakan jalur penghubung antara kawasan Asia Barat ke Asia Timur dan sebaliknya. Sehingga bilamana terjadi destabilisasi di keempat chokepoints tersebut merupakan malapetaka bagi pelayaran internasional, sebagaimana halnya yang terjadi di wilayah perairan Somalia.
Walaupun Indonesia tidak menghadapi konflik perbatasan yang serius berupa bentrokan bersenjata dengan negara-negara tetangga. Namun sejumlah wilayah Indonesia yang berbatasan dengan negara tetangga masih terdapat sejumlah persoalan klaim wilayah perbatasan, yang masing-masing pihak merasa memiliki kekuatan hukum. Bahkan terkadang terjadi sejumlah insiden pelanggaran perbatasan, khususnya di wilayah perbatasan laut, baik yang dilakukan oleh pihak sipil seperti nelayan dan pelanggar lintas batas sipil lainnya, sampai kepada aparat pemerintah atau keamanan masing-masing negara.
Kondisi yang demikian mejadikan wilayah perbatasan terkendala untuk dapat dikembangkan sebagai sentra pertumbuhan ekonomi yang berbasiskan pada karakteristik wilayah perbatasan yang seharusnya memiliki intensitas tinggi dalam arus lalu lintas, manusia, barang dan jasa. Karena tanpa adanya kepastian hukum akan batas wilayah negara, akan sulit untuk membangun kerjasama dan koordinasi pengelolaan perbatasan. Hal seperti inilah yang kadangkala dimanfaatkan oleh para pelaku kejahatan lintas negara. Yakni dengan memanfaatkan "loop hole" kelemahan kerjasama antar aparat serta adanya grey area yang menjadi sengketa perbatasan. Para bajak laut yang beroperasi di perairan selat Malaka, antara lain juga memanfaatkan "grey area" sengketa perbatasan. Sehingga walaupun kerjasama antar aparat keamanan perbatasan secara bilateral ataupun multilateral dilakukan, namun apabila sengketa perbatasan tidak mampu diselesaikan dengan segera, akan menjadikan wilayah perbatasan sebagai derah operasi para pelaku kejahatan lintas batas negara (trans national border crime).
Kebutuhan Pembentukan Badan Pengelola PerbatasanSedemikian kompleksnya permasalahan dan implikasi batas wilayah Negara. Sedemikian luasnya wilayah Indonesia sebagai Negara kepulauan yang berbatasan dengan sejumlah Negara, baik di wilayah darat dan laut, maka diperlukan pengelolaan perbatasan yang komprehensif dan efektif. Pengelolaan batas-batas Wilayah Negara diperlukan dan sangat penting untuk memberikan kepastian hukum mengenai ruang lingkup wilayah negara, kewenangan pengelolaan Wilayah Negara, dan hak-hak berdaulat.
Di samping pengelolaan batas wilayah Negara, diperlukan pula keberpihakan dan perhatian khusus terhadap upaya pembangunan wilayah-wilayah di sepanjang sisi dalam garis batas, atau kawasan perbatasan, untuk menjamin tetap terpeliharanya kedaulatan Negara, keamanan wilayah, dan kesejahteraan masyarakat setempat.
Sesuai dengan UU No 43 Tahun 2008, pemerintah dan pemerintah daerah berwenang mengatur pengelolaan dan pemanfaatan wilayah Negara dan kawasan perbatasan. Dalam pengelolaan Wilayah Negara dan Kawasan Perbatasan, sesuai Pemerintah berwenang:
a.Menetapkan kebijakan pengelolaan dan pemanfaatan Wilayah Negara dan Kawasan Perbatasan;
b.Mengadakan perundingan dengan negara lain mengenai penetapan Batas Wilayah Negara sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan dan hukum internasional;
c.
Membangun atau membuat tanda Batas Wilayah Negara;
d.
Melakukan pendataan dan pemberian nama pulau dan kepulauan serta unsur geografis lainnya;
e.Memberikan izin kepada penerbangan internasional untuk melintasi wilayah udara teritorial pada jalur yang telah ditentukan dalam peraturan perundang- undangan;
f.Memberikan izin lintas damai kepada kapal-kapal asing untuk melintasi laut teritorial dan perairan kepulauan pada jalur yang telah ditentukan dalam peraturan perundang-undangan;
g.Melaksanakan pengawasan di zona tambahan yang diperlukan untuk mencegah pelanggaran dan menghukum pelanggar peraturan perundang-undangan di bidang bea cukai, fiskal, imigrasi, atau saniter di dalam Wilayah Negara atau laut teritorial;
h.Menetapkan wilayah udara yang dilarang dilintasi oleh penerbangan internasional untuk pertahanan dan keamanan;
i.Membuat dan memperbarui peta Wilayah Negara dan menyampaikannya kepada Dewan Perwakilan Rakyat sekurang-kurangnya setiap 5 (lima) tahun sekali; dan
j.menjaga keutuhan, kedaulatan, dan keamanan Wilayah Negara serta Kawasan Perbatasan.
Untuk melaksanakan ketentuan sesuai dengan tersebut, Pemerintah berkewajiban menetapkan biaya pembangunan kawasan perbatasan dan dapat menugasi pemerintah daerah untuk menjalankan kewenangannya dalam rangka tugas pembantuan.
Dalam pengelolaan wilayah negara dan kawasan perbatasan, pemerintah provinsi berwenang melaksanakan kebijakan Pemerintah dan menetapkan kebijakan lainnya dalam rangka otonomi daerah dan tugas pembantuan, koordinasi pembangunan di kawasan Perbatasan,kerja sama pembangunan kawasan perbatasan antar pemerintah daerah dan/atau dengan pihak ketiga; Serta melakukan pengawasan pelaksanaan pembangunan kawasan perbatasan yang dilaksanakan Pemerintah Kabupaten/Kota. Sedangkan Pemerintah Kabupaten/Kota berwenang melaksanakan kebijakan Pemerintah dan menetapkan kebijakan lainnya dalam rangka otonomi daerah dan tugas pembantuan, menjaga dan memelihara tanda batas, melakukan koordinasi dalam rangka pelaksanaan tugas pembangunan di kawasan perbatasan di wilayahnya; dan melakukan kerjasama pembangunan kawasan perbatasan antar daerah dan/atau dengan pihak ketiga. Selanjutnya diatur dan ditegaskan, Pemerintah Provinsi dan Pemerintah Kabupaten/Kota berkewajiban menetapkan biaya pembangunan Kawasan yang pelaksanaan kewenangannya perlu diatur lebih lanjut dengan Peraturan Pemerintah.
Untuk mengelola batas wilayah negara dan mengelola kawasan perbatasan pada tingkat pusat dan daerah, Pemerintah dan pemerintah daerah membentuk Badan Pengelola, baik di tingkat nasional mau pun daerah, yang sifat hubungannya koordinatif. Amanat ini kemudian ditindaklanjuti dengan lahirnya Badan Nasional Pengelola Perbatasan (BNPP) melalui Peraturat Presiden Nomor 12 Tahun 2010. Badan ini, dipimpin oleh seorang kepala badan yang bertanggung jawab kepada Presiden atau kepala daerah sesuai dengan kewenangannya dengan keanggotaan berasal dari unsur Pemerintah dan pemerintah daerah yang terkait dengan perbatasan Wilayah Negara. Badan Pengelola bertugas menetapkan kebijakan program pembangunan perbatasan, menetapkan rencana kebutuhan anggaran, mengoordinasikan pelaksanaan, serta melaksanakan evaluasi dan pengawasan. Pelaksana teknis pembangunan dilakukan oleh instansi teknis sesuai dengan tugas pokok dan fungsinya.
Pengelolaan Perbatasan Memerlukan KISSPengelolaan batas wilayah dan kawasan perbatasan, memerlukan Koordinasi, Integrasi, Sinkronisasi, dan Simplifikasi (KISS). Untuk ini semua, terkait dengan beberapa dokumen peraturan perundangan nasional, yang antara lain: Undang-undang Nomor 17 Tahun 2005 tentang Rencana Pembangunan Jangka Panjang Nasional (RPJPN) Tahun 2004-2025, Peraturan Presiden Nomor 5 Tahun 2010 tentang Rencana Pembangunan Jangka Menengah Nasional (RPJMN) Tahun 2010-2014, Undang-undang Nomor 43 tahun 2008 tentang Wilayah Negara, Undang-undang Nomor 26 Tahun 2007 tentang Penataan Ruang, Undang-undang Nomor 27 Tahun 2007 tentang Pengelolaan Wilayah Pesisir dan Pulau Kecil, Peraturan Presiden Nomor 78 Tahun 2005 tentang Pengelolaan Pulau-Pulau Kecil Terluar, dan Peraturan Presiden Nomor 12 Tahun 2010 tentang Badan Nasional Pengelola Perbatasan.
Perundang-undangan sebagaimana tersebut, memiliki keterkaitan erat dengan upaya percepatan penyelesaian batas wilayah negara, serta mencerminkan adanya pergeseran paradigma dan arah kebijakan pembangunan kawasan perbatasan dari yang selama ini cenderung berorientasi "inward looking", menjadi "outwardlooking" sebagai pintu gerbang aktivitas ekonomi dan perdagangan dengan negara tetangga. Di samping itu, pendekatan pengelolaan perbatasan Negara pun, terefleksi nampak adanya pergeseran dengan mengedepankan kombinasi pendekatan kesejahteraan (prosperity approach) yang dilaksanakan secara serasi dengan pendekatan keamanan (security approach) dan pendekatan lingkungan (environment approach).
Sebagai perwujudan dari pergeseran paradigma tersebut, dari sisi penataan spasial nasional,kawasan perbatasan telah ditetapkan sebagai Pusat Kegiatan Strategis Nasional (PKSN) dari sudut pandang pertahanan dan keamanan serta peningkatan pertumbuhan ekonomi, karena memiliki nilai strategis dalam menjaga integritas wilayah Negara dan kesejahteraan rakyat Indonesia.
Kawasan perbatasan laut maupun darat Indonesia dengan Negara-negara tetangga, mempunyai permasalahan berbeda-beda karena masing-masing kawasan memiliki sifat dan karakteristik sendiri. Perbedaan permasalahan dipengaruhi oleh faktor-faktor geografis, ketersediaan SDA dan SDM, kondisi sosial, ekonomi, budaya, politik, serta tingkat kesejahteraan masyarakat.
Pengelolaan perbatasandi Indonesia, hingga saat ini masih dihadapkan pada beberapa isu strategis dengan variasi permasalahanyang menonjoldi dalamnya, yaitu:pengelolaan batas wilayah Negara dn pembangunan kawasan perbatasan.
a. Pengelolaan Batas Wilayah NegaraBelum selesainya penetapan dan penegasan beberapa segmen batas wilayah negara dengan negara tetangga, baik batas darat maupun batas laut, sehingga sering menjadi penyebab munculnya masalah terkait sengketa garis batas yang potensial mengancam kedaulatan RI. Berikut ini gambaran umum permasalahan batas darat negara dengan tiga negara tetangga.
1) Perbatasan Darat NKRIa) Batas Darat RI - MalaysiaPenyelesaian batas kedua negara melalui perundingan, masih menghadapi permasalahan
Outstanding Boundary Problems(OBP), sebanyak 9 kasus. (lihat
Gambar 2).. Di antara kasus ini, kasus Tanjung Datu termasuk yang memerlukan perhatian serius. Kegiatan survey
Investigation, Refixation, Maintenance(IRM), pihak Indonesia masih memiliki kekurangan kelengkapan data, ketersediaan dana survei, dan aksesibilitas.
Gambar 2

Kegiatan Common Border Datum Reference Frame(CBDRF) dan Joint Border Mapping (JBM), baru mampu menghasilkan data dalam bentuk buku ukur, azimuth dan jarak, yang diperlukan data Comp Sheet.
b) Batas Darat RI- PNGPenyelesaian batas kedua negara melalui perundingan, masih mensisakan beberapa permasalahan.Sumber hukum RI - PNG adalah Treaty 1973 dan telah diratifikasi dengan UU No. 6/1973, saat treaty ditandatangani, terdapat 14 MM. Deklarasi-deklarasi pilar-pilar batas telah ditandatangani di tingkat teknis namun belum ada perundang an di tingkat nasional. Pilar batas telah disepakati dan ditegaskan 52 MM dan telah dipasang: 1792 pilar perapatan.
Gambar 3

*Perjanjian Tahun 1973 - hasil demarkasi terdapat 14 MM dan densifikasi 38 titik
*Peta Batas Skala 1:50.000 sebanyak 27 lembar
*Masih dilaksanakan pengukuran CBDRF di 14 pilar (kendala teknologi penentuan posisi)
Pemeliharaan tetap dilakukan dengan kontinyu oleh pihak Indonesia dan pertemuan teknikal dan bilateral dilakukan setiap tahun. Masalah lain perlu perhatian, terkait dengan pencemaran sungai Fly, rencana pembukaan Pos Pemeriksaan Lintas batasSkouw - Wutung, dan kasus status penduduk perbatasan di Wara Smol, Papua (lihat Gambar 3).
c) Batas Darat RI - RDTLPenyelesaian batas kedua negara, RI dengan Republik Demokratik Timor Leste (RDTL), masih menyisakan beberapa permasalahandi lapangan (lihat Gambar 4). Terdapat 3 (tiga) un-resolved segments: Noel Besi, Manusasi, dan Memo.1 (satu) un-surveyed segment (Subina-Oben), dan 1 (satu) segmen kecil di Nelu (TTU, ± 1,5 km) yg sudah didelineasi tahun 2003, tetapi masyarakatnya menolak didemarkasi dengan alasan tidak mau kehilangan lahan garapan. Kondisi saat ini pada wilayah Noel Besi terdapat 44 keluarga Timor Leste, Keluarga RDTL yang seharusnya tidak berada pada wilayah tersebut (Desa Naktuka). Masalah lain terkait Border Crossing Pass yang tidak seragam dan berisi informasi yang tidak sesuai dengan agreement kedua Negara.
Gambar 4
Perbatasan Darat RI - Timor Leste

- Demarkasi & pemeliharaan pilar batas
-Pembuatan peta wilayah kecamatan perbatasan RI - RDTL 45nlp skala 1:25.000
-pembangunan sistem datum geodesi bersama (CBDRF)
-Pemasangan Border Sign Post
Gambaran permasalahan perbatasan tersebut, masih dilengkapi dengan persoalan lain adanya sinyalemen terjadinya pergeseran, kerusakan, dan hilangnya patok-patok perbatasan darat wilayah negara, banyaknya "jalur tikus" lintas batas, dan kondisi Pos Lintas Batas (PLB) yang belum memadai terutama PLB tradisional, secara akumulatif menjadi bagian dari permasalahan strategis perbatasan saat ini yang memerlukan perhatian serius.
2) Perbatasan Laut NKRISejumlah segmen batas wilayah laut, baik batas dengan negara tetangga maupun batas-batas terluar yurisdiksi negara dimana Indonesia memiliki hak-hak berdaulat untuk pemanfaatannya, banyak yang belum disepakati.
Untuk Zona Ekonomi Ekslusif (ZEE), dari sebanyak 10 Perjanjian, baru 2 yang telah disepakati dan 8 belum ada kesepakatan. Untuk Batas Laut Teritorial (BLT), dari sebanyak 5 Perjanjian, telah ada sebanyak 3 yang telah disepakati dan menyisakan 2 yang belum. Untuk batas laut kontinen (BLK), dari sebanyak 8 Perjanjian, telah 4 disepakati dan 4 lagi yang belum ada kesepakatannya.
Masih lemahnya upaya pencegahan maupun penegakan hukum terhadap aktivitas-aktivitas ilegal (illegal loging, illegal fishing, illegal mining, human trafficking, dll) serta gangguan keamanan di kawasan perbatasan. Di samping ini, masih rendahnya aksesibilitas informasi yang berpotensi melemahkan wawasan maupun rasa kebangsaan warga bangsa di perbatasan.
Masih minimnya sarana dan prasarana di sebagian besar exit entry point (Pos Lintas Batas) perbatasan darat maupun perbatasan laut, banyaknya "jalan tikus" lintas Negara mau pun PLB tradisional yang kurang efektif pengawasannya, dikaitkan dengan fenomena meningkatnya kasus perdagangan manusia dan terorisme, menjadi bagian dari permasalahan strategis lain di perbatasan wilayah Negara yang memerlukan penanganan khusus.
b. Pembangunan Kawasan Perbatasan.Belum optimalnya pengembangan dan pemanfaatan potensi kawasan perbatasan serta kurang tersedianya sarana/prasarana dasar di kawasan perbatasan, merupakan permasalahan umum yang terjadi dan dihadapi hampir di semua kawasan perbatasan wilayah negara Indonesia, sehingga menyebabkan kawasan perbatasan senantiasa tertinggal dan terisolir, dengan tingkat kesejahteraan masyarakatnya yang rendah dan aksesibilitas yang kurang, terutama akses kawasan perbatasan dengan pusat pemerintahan, pusat-pusat pelayanan publik, atau wilayah lain yang relatif lebih maju.
Rendahnya kualitas SDM, kurang meratanya penyebaran penduduk karena karakteristik geografis kawasan, dankerusakan lingkungan akibat eksploitasi SDA yang tidak terkendali tanpa menghiraukan daya dukungnya, menambah kompleksitas permasalahan aktual yang dapat ditemui di sebagian besar kawasan perbatasan wilayah negara, utamanya di wilayah darat.
Rencana Tata Ruang Wilayah Nasional baru memberikan arahan pemanfaatan ruang kawasan perbatasan yang bersifat makro. Sementara itu rencana rinci RTRWN berupa Rencana Tata Ruang Kawasan Strategis Nasional Perbatasan masih belum tersedia, sehingga pembangunan kawasan perbatasan belum memiliki acuan yang kuat dalam implementasinya.
Dalam pengembangannya, masih banyak potensi kawasan perbatasan yang dapat dikembangkan, namun banyak pula upaya yang harus dilakukan. Selama ini, banyak yang belum tergarap secara optimal untuk kesejahteraan rakyat di perbatasan maupun kemajuan bangsa dan Negara Indonesia.
Kondisi umum pengelolaan batas wilayah negara dan kawasan perbatasan selama ini, kenyataan menunjukkan masih belum dilakukan secara terpadu dengan mengkonsolidasikan seluruh sektor terkait, mengingat belum ada lembaga pengelolanya hingga sampai terbentuknya Badan Nasional Pengelola Perbatasan (BNPP), sesuai dengan Peraturan Presiden No 12 Tahun 2010.
Setidaknya ada 60-an program yang secara langsung atau tidak langsung berkaitan dengan kepentingan kemajuan perbatasan. Program ini tersebar secara sektoral di 29 Kementerian/Lembaga pemerintah non kementerian dan tidak memiliki keterkaitan yang jelas dalam sebuah koordinasi yang mantap, sehingga hasilnya pun tidak menunjukkan kemajuan yang signifikan di perbatasan. Ketertinggalan, keterisolasian, keterbelakangan, kemiskinan, dan predikat lain yang menunjukkan kekurang-berhasilan penanganan perbatasan, merupakan sebuah fakta dan isu strategis manajemen perbatasan, sehingga mendesak direspon dengan pembentukan BNPP sebagai badan pengelola yang salah satu fungsinya melakukan koordinasi pengelolaan perbatasan.
Fokus pada isu-isu manajemen yang saat ini dihadapi,akan mengerahkan ruang gerak penguatan pengelolaan perbatasan, setidaknya pada empat permasalahan strategis, yatu:
1)Masih belum adanya keterpaduan program dan kejelasan prosesur penetapan kebijakan program, untuk program-program terkait dengan perbatasan yang secara sektoral menjadi tanggung jawab Kementerian/Lembaga Pemerintah Non Kementerian;
2)Masih belum adanya keterpaduan proses menentukan prioritas kebutuhan anggaran seluruh sektor dan keterbatasan keuangan negara untuk dapat memenuhi anggaran program sebagaimana telah direncanakan.
3)Masih belum adanya koordinasi pelaksanaan program-program pengelolaan perbatasan,sehingga terjadi aktivitas yang "bertabrakan" atau "kekosongan" di perbatasan, bahkan banyak yang kurang fungsional karena tak saling terkait. Sering terjadi, pembangunan gedung atau pasar, tak ada listrik dan sarana transportasinya, sehingga kurang fungsional, bahkan dibiarkan kosong.
4)Masih belum adanya pola evaluasi dan pengawasan pelaksanaan program- program untuk perbatasan negara, sehingga kemajuan dan permasalahan yang dihadapi tidak terpetakan secara komprehensif, sehingga menyulitkan untuk mengambil tindakan korektif dan penanganan yang efektif atas situasi dan kondisi.
Mengingat latar belakang permasalahan tersebut dan kebutuhan mendesak untuk penanganan permasalahan perbatasan wilayah Negara sebagaimana digambarkan,diperlukan langkah-langkah nyata bagaimana mengelola batas wilayah Negara dan kawasan perbatasan secara lebih sistematis, komprehensif, dan visioner. Atas dasar pertimbangan inilah, diperlukan sebuah grand design pengelolaan perbatasan, dengan fokus pada pengelolaan batas wilayah Negara dan kawasan perbatasan, yangdapat memberikan gambaran dan arahan mengenai bagaimana visi dan misi pengelolaan perbatasan sebagaimana yang diamanatkan dalam RPJP Tahun 2005-2025 dapat diwujudkan.